Ooit is Geuzendael gebouwd als een tussenstation tussen de NS (Grote baan) en de BB (Bergbaan) bereikbaar via een enkelsporige aftakking van de lijn Hilversum - Utrecht alleen beschikbaar voor treinen die vanuit Hilversum richting Utrecht vertrokken. Het emplacement bestaat uit een aantal opstelsporen voor de NS en de BB. Daarnaast/onder is er een schaduwstation voor de NS, een depot voor stoomlocomotieven en een bescheiden havenemplacement ("Weesper haven").
Via de spiraal in de "Hilversum" zaal en de spiraal in de "Bergbaan" zaal kunnen treinen van beide spoorwegmaatschappijen (NS, BB) op elkaars gebied komen.
Deze spiralen zijn nodig omdat er een gang tussen de twee zalen loopt. De sporen worden door de spiralen naar ca 3 meter boven de vloer brengt.
Inmiddels is de bergbaan omgebouwd naar digitaal rijden en is rechtstreekse overgave van materieel niet meer mogelijk. Geuzendael wordt nu voor het analoog aangestuurde NS materieel alleen gebruikt als tussenstation naar het onder gelegen schaduwstation. De opstelsporen zijn niet meer bereikbaar voor de NS. Hierdoor wordt voorkomen dat het analoge materieel wordt beschadigd door de digitale rijspanning.
Sinds 2017 wordt gewerkt aan het dubbelsporig aansluiten van Geuzendael op alle sporen die van station Hilversum vertrekken, daarmee behoort het rondjes rijden door de NS tot het verleden en komen alle treinen die uit Hilversum vertrekken in Geuzendael aan en omgekeerd alle treinen uit Geuzendael gaan naar Hilversum. Daarmee is Geuzendael de simulatie geworden voor de stations Amsterdam, Amersfoort en Utrecht.
